Die Wilhelmiter waren eine vom Einsiedler Wilhelm von Maleval (bei Sienna) um 1120 gegründete Eremitenkongregation, welche die Regel des heiligen Benedikt befolgte. Am 10. Februar 1282, dem Gedächtnistag des Ordensstifters, schenkten Ammann, Bürgermeister und Gemeinde der Stadt Mengen - mit Einverständnis des Königs Rudolf von Habsburg, den Brüdern des St. Wilhemsordens des Klosters Oberried (bei Freiburg) eine Hofstatt zwischen dem Hof des Klosters Habstal (Gasthof zum Lamm) und dem der Herren von Schwarzach ( etwa an der Stelle der Gebäude Wilhemiterstraße 1, 1/1 und Mittlere Straße 50,52) zum Bau eines Klosters. Dieses wurde 1732 in seiner jetzigen Gestalt erneuert. Auf kaiserlichen und päpstlichen Befehl kam das Kloster 1725 zu St. Blasien und wurde ein Benediktinerkloster. Während des Klosterumbaues trat St. Blasien das Kloster in Mengen 1740 an das Kloster Petershausen ab.
1742 wurde die baufällige Klosterkirche abgebrochen.
Zur Zeit als Wilhelmiterkloster hatte Mengen gewöhnlich zwei bis drei Geistliche, zur Zeit als Benediktinerkloster die doppelte Zahl.
1806 hob die württembergische Regierung das Kloster auf. Die Klosterkirche wurde gesperrt und als Salzmagazin verwendet, die Klostergüter versteigert. 1810 griff der große Brand des ehemaligen Hauses der Herren von Schwarzach auch auf die Klosterkirche über, die nun abgerissen wurde. Von 1811 an mietete der Magistrat im Kloster für die neuerrichtete dritte Schulklasse ein Zimmer, und 1820 gingen die zwei noch stehenden Flügel in den Besitz der Stadt über.
Heute beherbergt es das Gymnasium Mengen.